会通河临清段是大运河会通河最北端的河段，在临清闸入卫河，北迤天津入海。自东南向西北，经聊城在魏湾镇入临清境先后流经魏湾镇、戴湾镇、大辛庄街道办事处、新华街道办事处、青年街道办事处、先锋街道办事处。入境河段，全长36.02公里。
会通河临清段-元运河，东起鳌头矶，西至临清闸入卫处，全长1.2公里，是元代至元二十六年（1289年）开凿，自须城安山至临清御河（卫河）是原“会通河”原生态运河仅存。此河段建有隘船闸、会通闸、临清闸，三闸管控运河蓄泄、启闭船闸升降，确保漕船畅流无滞。此河段明清间又建有鳌背桥、永济桥、月径桥，沟通两岸商贸互市、人员往来，为城市兴旺发展及保障漕运的繁荣发挥了历史性流通枢纽作用。2014年6月22日，此河段随大运河项目列入世界文化遗产。
会通河临清段-小运河，东起邱屯“引黄济津闸”，西至小运河入卫河处，全长6.8公里。此河段是明代永乐九年（1411年）工部尚书宋礼、侍郎金纯疏浚元代会通河过程中、因岸狭水浅，不堪重载而开挖的新河，从鳌头矶至入卫河处1.8公里，永乐十五年（1417年）河成，建南板闸和临清砖闸管控运河蓄泄，漕运畅通又称“闸河”。是明清两代运河之上漕船转漕的管控枢纽。